草嶺地質公園內的河流皆匯入清水溪，屬於清水溪流域，其中規模較大的支流依次為內湖溪(石鰻坑溪)與竹篙水溪，主流長度分別約為8.5 km和7.7 km；其次則為鹿窟仔溪，主流長約4 km；其餘則為小溪流，主流長度均不到3 km。 

1. 內湖溪

內湖溪(石鰻坑溪)位於草嶺村北部，主流長約8.54 km，其源頭位於番子田山西側，位竹山鎮境內，先由東向西流約3.6 km，然後才轉向南流進入草嶺地質公園內，至內湖再轉向西流，於樟湖交界處匯入清水溪。由於此溪之流向大致與地層之傾向一致，且多為厚層略含泥質之砂岩，因此在溪床上常可見到長數百公尺之傾斜坡。

2. 竹篙水溪

竹篙水溪源於番子田山東側，河流流動方向以西南方為主，大致順著地質構造方向發育，在溪畔附近流入清水溪。竹篙水溪以石壁風景區和蓬萊瀑布最為有名，在蓬萊瀑布附近其河床有明顯的落差出現，這可能是斷層所造成的結果，唯對此有待進一步證實。